SheepCloud blog

2012年3月28日水曜日

携帯変更

携帯が壊れてしまった．

結構気に入ってたのでかなりショック．

まだ，割賦残ってたのにさ．

ということで機種変更しました．

Sharpの104SHです．

久々のSharp製．

今のところは特に不具合なく使えている．

というより，さくさく動いて気持ちがいい．

2012年2月18日土曜日

Cytoscapeであそぶ

wikipediaの複雑ネットワークに載っていたランダムネットワークがかっこよくみえたので同じような図をつくってみました．

作り方あってるかな・・・

キャプション通りにCytoscapeのRandomNetworksプラグインを利用する．

プラグインが見当たらない場合は[Manage Plugins]からインストールすること．

RandomNetworksプラグインを起動する．

[Plugins]>[Random Networks]>[Generate Random Network]を選択する．

Barabasi-Albert Modelを選択して[Next]．

ノード数に「1000」と入力して，[Generate]ボタンをクリック．

ランダムネットワークが生成された．

適当にレイアウトする．

Network Analysisプラグインを起動して，

ノードサイズを入次数と対応させる．

それっぽくなってきた．（ノード数が多いけど）

あとは色づけして完成．

部分的に拡大するとこんな感じ．

かっこいいだけじゃなくて，ちゃんと勉強しなきゃね．

今日は息抜きということで．

2012年1月26日木曜日

NetCommons2: はじめてのモジュール開発

NetCommons2のモジュールを作成してみる。

参考にしたサイトは　http://ncwiki.commonsnet.org/develop/

公式？かどうかは判らないが､検索して引っかかった。

さっそく､「hello world」を表示するモジュールを作ってみる。

まず､NetCommons2のインストールディレクトリに移動する。

# cd /var/www/html/nc2

ひな形作成用スクリプトは「maple/generate/script」に保存されている。

# cd maple/generate/script

「nc.sh」を環境に合わせて修正する。

# vi nc.sh

これを

if [ -z "$MAPLE_DIR" ]; then
MAPLE_DIR="D:/xampp/htdocs/maple/maple"
fi

こうする。

if [ -z "$MAPLE_DIR" ]; then
MAPLE_DIR="/var/www/html/nc2/maple"
fi

スクリプトを実行して､ひな形を作成する。

# ./nc.sh module hello simple
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/install.ini
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/language/japanese/main.ini
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/files/css/default/style.css
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/files/js/default/hello.js
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/templates/default/hello_view_main_init.html
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/templates/default/hello_script.html
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/view/main/init/Init.class.php
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/view/main/init/maple.ini
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/view/maple.ini
[create] /var/www/html/nc2/webapp/modules/hello/language/japanese/modinfo.ini

あとはひな形を編集していくだけ。

# cd /var/www/html/nc2/webapp/modules/

ファイル権限を変更しておく。

# chown -R apache:apache hello

モジュール名を設定する。

# cd hello
# vi language/japanese/modinfo.ini
module_name = "hello world module"

モジュールで表示する文字列「Hello World!」を定義する。

# vi language/japanese/main.ini
[Hello_View_Main_Init]
hello_value="Hello World!"

テンプレートで文字列が表示する。

# vi templates/default/hello_view_main_init.html
<{*テンプレート内容をここに記述*}>
<{$lang.hello_value}>
<{include file="hello_script.html"}>

これで取りあえず完成。

コントロールパネルからモジュールをインストールして動作を確認する。

インストール！

最後にレイアウト画面でモジュールを配置する。

よっしゃ。ちゃんと「Hello World!」と表示された。

今度はデータベースを使うモジュール作りに挑戦したい。

ゆくゆくはちゃんと使えるモジュールを作るぞ！

2011年12月19日月曜日

ブレーカが飛び，BuffaloのLS-QL/1Dが壊れた．

ディスクは生きていたけど，結構ショック．

なかなか気に入ってたのにサ．．．

泣いていても仕方がないので後継機を買いにビックカメラへ．

色々と悩んだあげく，

裸族のインテリジェントビルNAS（CRIB35NAS）を購入した．

作りがしっかりしてたのと，NFSにも対応していたのが決めてになった．

本当は自分で組むべきなのかもしれないけど，

色々と面倒だし，パッケージングされている方が家族も使いやすい．

buffaloのディスクからmount -t xfsでデータを取り出し，

運用開始．

さあ，どうなることやら．

とりあえず，長生きしてね．

2011年12月17日土曜日

Apache POI：Not enough data (1) to read requested (2) bytes

Apache POIライブラリ(3.7)でxlsファイルを読み込んだら次のようなエラーが表示された．

Exception in thread "main" org.apache.poi.hssf.record.RecordFormatException: Unable to construct record instance
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactory$ReflectionConstructorRecordCreator.create(RecordFactory.java:65)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactory.createSingleRecord(RecordFactory.java:300)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactoryInputStream.readNextRecord(RecordFactoryInputStream.java:270)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactoryInputStream.nextRecord(RecordFactoryInputStream.java:236)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactory.createRecords(RecordFactory.java:442)
at org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFWorkbook.<init>(HSSFWorkbook.java:263)
at org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFWorkbook.<init>(HSSFWorkbook.java:188)
at org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFWorkbook.<init>(HSSFWorkbook.java:305)
at org.apache.poi.hssf.usermodel.HSSFWorkbook.<init>(HSSFWorkbook.java:286)
at org.apache.poi.ss.usermodel.WorkbookFactory.create(WorkbookFactory.java:60)
at org.sheepcloud.lab.Parser.<init>(Parser.java:26)
at org.sheepcloud.lab.Parser.main(Parser.java:53)
Caused by: org.apache.poi.hssf.record.RecordFormatException: Not enough data (1) to read requested (2) bytes
at org.apache.poi.hssf.record.RecordInputStream.checkRecordPosition(RecordInputStream.java:216)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordInputStream.readUShort(RecordInputStream.java:267)
at org.apache.poi.hssf.record.common.UnicodeString$PhRun.<init>(UnicodeString.java:311)
at org.apache.poi.hssf.record.common.UnicodeString$PhRun.<init>(UnicodeString.java:297)
at org.apache.poi.hssf.record.common.UnicodeString$ExtRst.<init>(UnicodeString.java:178)
at org.apache.poi.hssf.record.common.UnicodeString.<init>(UnicodeString.java:438)
at org.apache.poi.hssf.record.SSTDeserializer.manufactureStrings(SSTDeserializer.java:55)
at org.apache.poi.hssf.record.SSTRecord.<init>(SSTRecord.java:250)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)
at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:39)
at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:27)
at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:513)
at org.apache.poi.hssf.record.RecordFactory$ReflectionConstructorRecordCreator.create(RecordFactory.java:57)
... 11 more

原因がわからずなんともならなかったのでベータ版（3.8beta4）に切り替えたら，あっさりと動いた．

気持ち悪いが，とりあえず動いたからよしとしよう．

2011年12月4日日曜日

ダイクストラ法

ダイクストラ法をRとigraphを使って表現する．

igraphのshortest.paths関数で一発でできるのだけど，お勉強のためということで．

まずは最短経路を求めるグラフを用意する．

library(igraph)
g<-graph.empty(5)
V(g)$name<-c("A","B","C","D","E")
g<-add.edges(g,c(0,1,0,2,0,3,1,2,1,3,1,4,2,3,3,4))
g<-as.undirected(g)
E(g)$weight<-c(2,1,7,5,6,1,1,8)
lay<-rbind(c(1,3),c(2,3),c(1,1),c(2,1),c(3,2))
plot(g, layout=lay,vertex.label=V(g)$name,vertex.size=12,edge.label=E(g)$weight)

こんな感じ．今回はノード「E」をゴールとする．

つぎに各ノードのコストを初期化する．

V(g)$cost<-c(Inf,Inf,Inf,Inf,0)
V(g)$fixed=FALSE
V(g)$color<-"skyblue"
plot(g, layout=lay,vertex.label=V(g)$cost,vertex.size=12,edge.label=E(g)$weight,vertex.color=V(g)$color)

つぎはコスト計算．

V(g)[nei(V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]) & fixed==FALSE][V(g)[nei(V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]) & fixed==FALSE]$cost>(E(g)[V(g)[fixed==FALSE] %->% V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]]$weight)+(V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]$cost)]$cost<-(E(g)[V(g)[fixed==FALSE] %->% V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]]$weight)+(V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]$cost)

ながい．．．もっと短くできるかもしれない．

V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]$color="yellow"
V(g)[fixed==FALSE & cost==min(V(g)[fixed==FALSE]$cost)]$fixed=TRUE

計算が終わったノードは黄色に塗りつぶす．

plot(g, layout=lay,vertex.label=V(g)$cost,vertex.size=12,edge.label=E(g)$weight,vertex.color=V(g)$color)

これを計算するノードが無くなるまで繰り返す．

もう一回．

これで終わり．

実際にグラフを描きながらだと楽しいね．

2011年12月1日木曜日

R + igraph + Cytoscape

まずはR+igraphでネットワークグラフを作成する．

> library(igraph)
> d<-matrix(c(0,0,1,1,1 ,0,1,1,0,2,0,3,1,0,1,6,0,0,0,2,1,8,5,2,0),ncol=5,nrow=5)
> ls()
[1] "d"
> d
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 0 0 0 6 1
[2,] 0 1 3 0 8
[3,] 1 1 1 0 5
[4,] 1 0 0 0 2
[5,] 1 2 1 2 0
> g<-graph.adjacency(d,weighted=TRUE)
> summary(g)
Vertices: 5
Edges: 15
Directed: TRUE
No graph attributes.
No vertex attributes.
Edge attributes: weight.
> degree(g)
[1] 5 6 7 4 8
> png("c:/tmp/myplot.png",width=600, height=600,pointsize=14)
> plot(g,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.label=V(g)$smr,vertex.size=degree(g)*4)
> dev.off()
null device
1

なかなか，いい感じ．

つぎはCytoscape（http://www.cytoscape.org/)を使って描画してみる．

まずは，Rからグラフをエキスポートする．

このときファイルタイプとして”ncol”を指定するのを忘れずに！

> write.graph(g,"c:/tmp/mygraph.ncol","ncol")

Cytoscapeを起動して[File]>[Import]>[Network from Table(Text/MS Excel...)]を選択する．

先ほどエキスポートした「c:/tmp/mygraph.ncol」を読み込む．

[Source Interaction]に「Column 1」，[Interaction Type]に「Column 3」，[Target Interaction]に「Column 2」を設定する．

[Import]ボタンをクリックする．

これでグラフをインポートできた．

あとはCytoscpae上でグラフを色々と見やすくしてやればいい．

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