Rでネットワーク図を描く3

 今度は行ラベル，列ラベルを付けてみる．

> d<-matrix(c(0,0,1,1,1 ,0,1,1,0,2,0,3,1,0,1,6,0,0,0,2,1,8,5,2,0),ncol=5,nrow=5
> d
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    0    0    0    6    1
[2,]    0    1    3    0    8
[3,]    1    1    1    0    5
[4,]    1    0    0    0    2
[5,]    1    2    1    2    0

 まずは列ラベルを設定する．

> colnames(d)<-c("A","B","C","D","E")
> d
     A B C D E
[1,] 0 0 0 6 1
[2,] 0 1 3 0 8
[3,] 1 1 1 0 5
[4,] 1 0 0 0 2
[5,] 1 2 1 2 0

お次は行ラベルを設定する．

> rownames(d)<-c("A","B","C","D","E")
> d
  A B C D E
A 0 0 0 6 1
B 0 1 3 0 8
C 1 1 1 0 5
D 1 0 0 0 2
E 1 2 1 2 0

グラフに変換する．

> g<-graph.adjacency(d,weighted=TRUE)

画像に書き出す．

> png("c:/tmp/myplot.png",width=400, height=400,pointsize=12)
> plot(g)
> dev.off()
null device
          1 

 

エッジの重みを表示する．

> E(g)$weight
 [1] 6 1 1 3 8 1 1 1 5 1 2 1 2 1 2

一応，グラフ情報もみておく．

> summary(g)
Vertices: 5
Edges: 15
Directed: TRUE
No graph attributes.
Vertex attributes: name.
Edge attributes: weight.

今度は特定のエッジを削除してみる．

重みが5以下のエッジを削除してみよう．

> g2<-delete.edges(g,E(g)[weight<=5])

グラフ情報をみると，

> summary(g2)
Vertices: 5
Edges: 2
Directed: TRUE
No graph attributes.
Vertex attributes: name.
Edge attributes: weight.

描画してみよう．

>  png("c:/tmp/myplot.png",width=400, height=400,pointsize=12)
> plot(g2,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.color="white",vertex.label=V(g2)$name,edge.label=E(g2)$weight,vertex.size=10)
> dev.off()
null device
          1

次数0のノードができてしまった．

こいつを削除しよう．

> g2<-delete.vertices(g2,which(degree(g2)<1)-1)
> summary(g2)
Vertices: 4
Edges: 2
Directed: TRUE
No graph attributes.
Vertex attributes: name.
Edge attributes: weight.

もう一回，書き出してみる．

>  png("c:/tmp/myplot.png",width=400, height=400,pointsize=12)
> plot(g2,layout=layout.fruchterman.reingold,vertex.color="white",vertex.label=V(g2)$name,edge.label=E(g2)$weight,vertex.size=10)
> dev.off()
null device
          1

 ちゃんと削除できた．